Al principio el koto era pequeño y portátil, de cinco cuerdas y de un metro de longitud. En aquella época (antes del siglo VIII), el koto no era sólo un instrumento musical, sino que también se utilizaba como elemento sagrado para las ceremonias religiosas o de sortilegios. El koto de cinco cuerdas se llama wagon. Posteriormente se añadió una sexta cuerda en el período Nara (siglos VI a VIII). En la actualidad se utiliza en la música orquestal de la Corte Imperial, que se denomina gagaku.
En el mismo período Nara empezó a utilizarse un tipo de koto de trece cuerdas, conocido como gakuso, construido según el modelo de koto chino llamado cheng, y que medía unos dos metros de longitud. El origen del koto actual es este gakuso. Por entonces se tocaba el koto acompañándolo con el canto, que podía ser tanto religioso como profano.
Los chinos comparaban la forma del koto con la de un dragón. Por eso, cada parte del koto se denomina con la parte correspondiente del dragón (cabeza, cuerno, cuerpo, patas, etc.).
A partir del siglo XVIII, el Gobierno otorga especial protección a los músicos de koto, en su mayoría invidentes. Yatsuhashi Kengyo (1614-1685), famoso maestro de koto y fundador de la Escuela que lleva su nombre, inauguró una nueva era al modificar el repertorio para adaptarlo al gusto de la época: fue el compositor de la celebérrima obra Rokudan. De la influencia de Yatsuhashi, nacieron dos nuevas Escuelas: Ikuta y Yamada, las cuales continúan hasta ahora.
Ya en el siglo XX, el músico que contribuyó a la modernización del koto fue el maestro Michio Miyagi (1895-1956), quien introdujo música occidental y experimentó nuevas técnicas. Fue él también quien desarrolló el koto de diecisiete cuerdas.
Existen tres géneros diferentes en las obras clásicas:
Danmono:
Piezas instrumentales. Se componen de movimientos. Cada movimiento tiene una duración de 104 negras (pulsos) agrupadas en 52 compases binarios.
Kumiuta:
Cánticos o tonadas. Es una suite formada por entre cuatro y siete waka, poemas japoneses de 31 sílabas. Estas piezas son para un cantante solista que se acompaña él mismo con el koto.
Tegotomono:
Constituidas por cantos de dos o tres poemas, entre los cuales se intercalan partes instrumentales. A menudo se acompaña con el shamisen (laúd) y shakuhachi (flauta japonesa de bambú).