El koto tiene trece cuerdas, las cuales se empiezan a contar a partir de la posición más alejada al músico, uno, dos,… hasta el trece (en japonés, ichi, ni, san, shi, go, roku, shichi, hachi, kyu, ju, to, i, kin). Su escala es re, sol, la, si bemol, re, mi bemol, sol, la, si bemol, re, mi bemol, sol, la. Esta escala principal se llama hirajoushi. La partitura se escribe en tablatura con los signos de cada cuerda.
El material del koto es el kiri (paulonia), un árbol ligero y suave originario del Japón. Es una caja rectangular de resonancia, con dos aberturas en la parte posterior. Las cuerdas son generalmente de hilo sintético, aunque también las hay de seda. Para ajustar cada escala se usan los kotoji, puentes de plástico o marfil. Se toca con unas uñas o púas de marfil que se ajustan en los dedos pulgar, índice y corazón de la mano derecha; la mano izquierda se ocupa de subir o modificar los tonos de las cuerdas. En las obras modernas también se toca con la mano izquierda.
Además de tañer el koto, el músico ha de saber cantar y al mismo tiempo ir afinando el instrumento. Por lo tanto, el intérprete es también el afinador.
El koto recrea los sonidos de la naturaleza; se da importancia a la resonancia y a la disonancia con lo que se crea un sonido sutil y relajante.
Se pueden crear sonidos diferentes dependiendo de la manera de tocar: a veces puede sonar como un arpa, otras como una guitarra, etc. Aun siendo un instrumento antiguo y tradicional, sin duda el koto todavía puede evolucionar mucho más, lo que le hace ser un instrumento musical muy interesante.